Medizinische Nomenklaturen dienen primär der exakten Beschreibung von Körperstrukturen (Anatomie) oder der behandlungsorientierten medizinischen Dokumentation von Diagnosen. In letzterem Fall versuchen sie, für jeden abgrenzbaren medizinischen Zustand eine spezifische Bezeichnung anzubieten.
Ergänzt werden Nomenklaturen von den so genannten Klassifikationen (z.B. ICD 10), wobei die Abgrenzung nicht immer einfach ist. Während Nomenklaturen sich mit der Beschreibung von Einzelfällen beschäftigen, dienen Klassifikationen in der Medizin der Bildung von Gruppen ähnlicher Fälle.
Die anatomische Nomenklatur ist eine systematische Sammlung von Begriffen zur eindeutigen Benennung von Teilen der Körper von Lebewesen. Sie wurde dafür entwickelt, dass es Fachkundigen möglich ist, mit derselben Benennung für einen bestimmten anatomischen Begriff auch immer dieselben Anteile, Regionen oder Lagebeziehungen im Körper eines Lebewesens der gleichen Art angeben zu können.